A támogatással finanszírozott projekteknek a támogatási szerződésben vállalt feltételrendszernek megfelelően kell megvalósulniuk.
Ha a pályázat nem ír elő könyvvizsgálói közreműködést, akkor a projekt pénzügyi és ügyviteli megvalósítása a pályázó szervezetre, illetve annak vezetőségére van bízva. Természetesen a pályázó szervezet ekkor is dönthet úgy, hogy a projektmegvalósítás folyamatában könyvvizsgáló segítségét veszi igénybe. A könyvvizsgáló, mint speciális pénzügyi-gazdasági képzettséggel rendelkező szakértő vehet részt a projektben és nem mint a kötelezően választott könyvvizsgáló.
Az uniós támogatások pályázati kiírásai gyakran írnak elő teljesítendő pályázati követelményként független könyvvizsgálói részvételt, jellemzően 50 millió forint feletti projektek megvalósítása esetén. Az esetek többségében az uniós támogatások ellenőrzése nem minősül könyvvizsgálatnak a hagyományos értelemben, hiszen ilyenkor a könyvvizsgálat elsősorban a forrást biztosító támogató, nem pedig a tulajdonosok és hitelezők érdekében történik. A projekt szintű ellenőrzésnél a könyvvizsgáló a támogató által meghatározott és kijelölt ellenőrzési feladatokat végzi el, amely kiírónként és támogatásonként változó lehet.